В период Отечественной войны (1941–1945 гг.). Институт, наряду с вопросами своей специализации, проводил отдельные работы, результаты которых одобрены и приняты военными управлениями. Среди них:
- биологические методы маскировки лётных полей аэродромов;
- способы длительного сохранения зелёной окраски листьев на обрубленных ветвях, применяющихся для маскировки военных объектов;
- метод быстрого восстановления защитной окраски обмундирования при помощи хлорофилла;
- использование пищевой лесной продукции;
- противопожарная защита заводов, прочих построек и складов в лесных условиях;
- борьба с пожарами от зажигательных бомб на лесосеках и временных складах.
С 1942 г. по заданию Инженерного комитета Красной Армии в 1941–1942 гг. сотрудники Института разработали траншейный окопокопатель ОП-2, трехшпиндельный бур для подготовки шпуров под колья проволочных заграждений, дернорез Д-5К для заготовки дерна при летней маскировке различных фортификационных сооружений.
