Для рассмотрения и решения основных вопросов научно-исследовательской и научно-технической деятельности ФБУ ВНИИЛМ, оценки качества научно-технической продукции и ускорения ее внедрения, в качестве постоянного совещательного органа при директоре Института действует Ученый Совет.
В состав Ученого совета входят члены дирекции, руководители научных подразделений и ведущие научные сотрудники.
Ученый совет действует на основе Положения об Ученом совете, утверждаемого директором Института.
При Ученом совете работают две научно-методические секции:
-по вопросам лесоводства и биологии - под председательством заместителя директора по научной работе;
- по вопросам экономики лесного хозяйства, таксации леса и лесоустройства – под председательством заместителя директора по научной и инновационной работе.
В 2020 году проведено 9 заседаний Ученого совета ФБУ ВНИИЛМ, где обсуждались следующие вопросы: утверждение отзывов ФБУ ВНИИЛМ как ведущей организации на диссертационные работы, утверждение кандидатур на научное руководство аспирантами, о программе развития ФБУ ВНИИЛМ, рассмотрении отчета о выполнении НИР по государственным контрактам, об участии молодых ученых ФБУ ВНИИЛМ в Конкурсе научных и опытно-исследовательских проектов аспирантов, молодых ученых НИИ, находящихся в ведении Рослесхоза, о рассмотрении кандидатур для участия в Конкурсе на соискание премии Президента Российской Федерации в области науки и инноваций для молодых ученых и другие.